гръцката форма Καστοριά произлиза от българското име Костур и е подражание на латинското Castrum.Български източници извеждат името от кост. Така например Търпо Поповски пише, че името произлиза от кост, защото местността прилича на скелет, откъдето идвала и гръцката форма на името Скелетрон. Видният български езиковед Стефан Младенов смята, че името Костур е от кост с наставка -ур, тоест „скелет, костник“
Според български източници към средата на IX век Костур попада в границите на Първата българска държава. Петър Коледаров смята, че вероятно Костурско е част от новия български комитат Кутмичиница, образуван в ранните години на управлението на Борис I, между 853 и 856 година. И според него, и според Васил Златарски Костур е част от България по договора от 864 година.В 904 година българският статут се препотвърждава чрез договор на Симеон I за определяне на границата.
Деволският комитат през IX-X век
По време българо-византийските войни от края на X – началото на XI век е и следващото споменаване на Костур след Прокопий (споменаването на Диоклецианополис в „За темите“ от Константин VII Багренородни е анахронично, базирано върху „Синекдем“ от VI век).[30] Във втората половина на X век градът продължава да е в български ръце, след смъртта на цар Петър I в 969 година и падането на Велики Преслав във византийски ръце в 971 година, в Костур и Преспа управлява единият от комитопулите Давид. Обявилият се за цар Самуил в 976 година насочва своите нападения на юг направо на в Тесалия.
През пролетта на 1017 година византийският император Василий II Българоубиец, подсилен от руски наемници, нахлува в България и от Солун през Бер настъпва към Костур и се опитва да безуспешно да превземе града. Костур пада във византийски ръце вероятно по-късно същата година, или в 1018 година, тъй като в 1018 година император Василий II приема в града двете Самуилови дъщери.
В Костур са запазени няколко църкви от IX – X век: „Свети Стефан“, „Свети Архангели Митрополитски“, „Свети Безсребреници“ и „Света Богородица Кубелидики“. След установяването на Охридската архиепископия от Василий II през 1019 година, Костур става център на втората по важност епархия в нея, като неговият епископ носи титлата прототрон, тоест катедрата е първопрестолна след Охридската.Императорът дава на костурския епископ 40 клирици и 30 парици, защото „макар по-рано негли е имал той повече, ние обаче не искаме той да надминава архиепископа по броя на клириците и париците“.В това време в града има и силна еврейска община, чийто виден представител е равинът Товия бен Елиезер (около 1050 – 1108), автор на няколко съчинения.
В 1072 година, по време на въстанието на Георги Войтех, войводата на обявилия се за български цар Константин Бодин Петрила прави неуспешен опит да превземе града, което проваля въстаническото настъпление в Югозападна Македония и въобще предопределя смазването на въстанието.
Анна Комнина, „Алексиада“ 6, 138 – 139
През март 1082 година при норманското нашествие на Балканите Костур е превзет с пристъп от Робер Гискар, предводителя на норманите, веднага след падането на Драч. Покорена е и цялата околност на града.След като разбива сина на Робер Боемунд Отвилски при Лариса и, възползвайки се от заминаването на Боемунд за Италия да търси пари за войската си, през октомври-ноември 1084 година Алексий I Комнин настъпва срещу Костур заедно с военачалника си Георги Палеолог. Според разказа на Анна Комнина в „Алексиада“, тъй като стените на провлака правят невъзможно овладяването на Костур с щурм, император Алексий с лодки прекарва войска на гърба на полуострова – мястото, където след овладяването на града той е основал манастира „Света Богородица Мавровска“ – и оставеният за управник в града граф Бриен се предава.
Църквата „Света Богородица Кубелидики“, X – XI век
През декември 1096 година кръстоносците от Първия кръстоносен поход (1096 – 1099) на Боемунд Тарантски разграбват околностите на Костур (Castoream), но заобикалят крепостта и отиват към Пелагония.
Според Йоан Кинам в 1152 или 1153 година Мануил I Комнин назначава братовчед си Андроник за управител в Ниш, като му „дал и Костур“, тоест го назначил за управител на България. Император Алексий III Ангел включва провинция Кастория (Provincia Castoriae) в хрисовула си от 1198 година, с който предоставя на Венецианската република особени търговски привилегии.
През първата половина на XIII век, след Превземане на Константинопол от кръстоносците от Четвъртия поход и унищожаването на Византийската империя, районът на Костурско е поле на постоянни враждебни действия между новопоявилите се Епирско деспотство, Никейска империя, Латинска империя, както и Българското царство. След 1204 година, българският цар Калоян отново завладява Костур.Скоро обаче епирският деспот Михаил I Комнин, след като се съюзява с никейския управител на Тесалия и Македония Йоан Петралифа, като се жени за дъщеря му Теодора Петралифина, завладява града и го включва в държавата си.
В началото на XIV век Костур е част от Тесалийското княжество на Йоан II Ангел Дука, който се титулува „дук на Велика Влахия и Костур“, а след смъртта му е във владенията на Стефан Гавриилопул. След смъртта на Гавриилопул в 1332/3, император Андроник III Палеолог овладява града, но в 1334 година той е предаден за кратко на Сърбия от Сиргиан Палеолог.
Около 1342/3 година Стефан Душан, възползвайки се от Византийската гражданска война, нахлува в Западна Македония и завладява голяма част заедно с Костурско, включвайки го в силното по това време Душаново царство. В 1350 година сръбското владеене на Костур е потвърдено в Солун от договора между Стефан Душан и император Йоан VI Кантакузин. След смъртта на Душан, Костур е седалище на Симеон Урош. По-късно градът е във владенията на епирския владетел Тома II Комнин, за кратък период Костур е владение и на Радослав Хлапен. След това Костур влиза в Княжество Музака при Теодор II Музака, който е в спор за града с крал Марко. Овладян е от османците в средата на 80-те години.
Средновековният град
Костурска крепост
Средновековният град е разположен на широката част на шийката на полуострова до непристъпните източни склонове на Костурския хълм Свети Атанасий. Приблизителната му площ е 65 ha. От запад на изток дължината на града е 900 m, а от север на юг ширината е около 1000 m с малкия полуостров на юг. Провлакът, който свързва полуострова на езерото с планината Псалида днес е широк 400 m, но през Ранното средновековие това разстояние според Прокопий е било само 15 стъпки, тоест 5 m. В миналото полуостровът може да е бил остров, присъединен към сушата, след спадане на нивото на езерото.
Данни за населението на града през Средновековието не са запазени, но жителите се изчисляват на около 5000 – 6000 души, тъй като в първите години на османската власт са регистрирани около 1000 семейства. Етническата картина на града е пъстра и се състои главно от гърци, българи и евреи.
В XIX век, независимо че почти цялата околност на Костур е населена с българско население.
С развитието на Българското Възраждане във втората половина на века движението за българска просвета стига и до Костурско. В началото на XIX век френският консул при Али паша Янински Франсоа Пуквил пише за Костур:
„ …околните жители, разбират само своя език, българския
