Игуменът на Зографския манастир „Св. Георги Победоносец“ в Света гора е игумен и на Германския манастир край София
Когато в годините след Първата световна война България е в тежко финансово положение, а се налага страната да купува жито, правителството получава пари за това от Зографския манастир в Атон. По време на управлението на Андрей Ляпчев България връща дълга си на Зографската обител с осем манастирски имота, сред които и Германския манастир „Св. Иван Рилски“. Ето защо от 1928 г. тази обител е ПОДВОРИЕ на Зографския мснастир, чийто игумен е игумен и на Германския манастир.
„Св. Иван Рилски“ е създаден през Х в. По време на цар Петър се превръща във важно духовно средище. Значителна роля играе и през византийското владичество, като е получил дарение от император Алексий I Комнин.
При тържественото връщане на мощите на Св. Иван Рилски от Търново в Рилския манастир 1469 г., процесията пренощува и в Германския манастир. За това съобщава участникът в това знаменателно събитие Владислав Граматик, който посочва, че обителта била действаща, имала игумен и монаси.
В псалтир от края на XV в., издаден в Цетина (една от малкото печатни книги от епохата), се казва, че в манастира имало богата библиотека с ценни старопечатни книги.
Разрушен от османците, манастирът възвръща богатствата и влиянието си чак през XVIII в. Тук се разгръща успешна книжовна дейност. Най-ценният паметник, достигнал до нас е създаденият от Никола Граматик Германски сборник – ръкопис от 246 листа с животоописания на Св. Иван Рилски и Йоаким Осоговски, както и църковни служби.
Последвало опустошаване на обителта от кърджалийски орди.
Сегашният храм е построен в 1885 г. Иконите на иконостаса са нарисувани в 1886 г. от самоковските художници Иван и Никола Доспевски.
В близост до манастирския храм се извисяват три секвои – две са посадени в края на XIX в. от княз Фердинанд и княгиня Мария Луиза, а третата – от цар Борис III през 1936 г.
Манастирът е една от най-посещаваните обители в Софийска Мала Света гора.
